謎の男がもたらした地球最大の危機!!　人類存亡を願うカークたちに、冷酷な罠が待ち受ける!!

西暦2259年。任務を終えて地球に戻ったジェームズ・T・カーク（クリス・パイン）は、原住民と副長スポック（ザッカリー・クイント）を危機から救うため規則違反を犯してしまい、船長を解任されてしまう。同じ頃、ロンドンの宇宙艦隊基地が大爆破され、多数の死傷者を出す。その事件の真犯人は、艦隊士官のジョン・ハリソン（ベネディクト・カンバーバッチ）と判明する！

愛する者を守るために、人類は何を犠牲にするのか――ハリソンの冷酷な罠、そして目的とは!?

ハリソンの奇襲でカークが父のごとく慕っていた、パイク提督（ブルース・グリーンウッド）が絶命！　パイクの仇を討つため、ハリソンの潜むクロノスにカークは乗り込むが、そこには復讐を誓うハリソンの冷酷な罠が待ち受けていた！　どうしてハリソンは、たった1人で戦争を？　その過去とは？　そして地球の未来と引き換えにカークたちが払わねばならない代償とは――。

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