カンザスのサーカス一座で奇術師をしているオズ（ジェームズ・フランコ）は、持ち前のルックスと巧みな話術を武器に、いつの日か“偉大な男”になることを夢見ていた。ある日、イザコザの最中に巨大な竜巻に飛ばされたオズは、神に対する必死の懇願が届いたか、命からがら魔法の国“オズ”へ舞い降りてしまう。そこで西の魔女セオドラ（ミラ・クニス）と名乗る女性に遭遇したオズは、いくつかの偶然が重なって、この国の予言に残る“偉大なる魔法使い”だと誤解を受け、緑色に輝くエメラルド・シティへ行くことに。そこでセオドラの姉で東の魔女エヴァノラ（レイチェル・ワイズ）に会ったオズは、国の存亡を脅かす邪悪な魔女の撃退してほしいという依頼を受ける。その報酬である莫大な財宝と名声に心奪われたオズは、翼を持った猿のフィンリーとともに邪悪な魔女を探す旅へ。そして、魔女の攻撃で壊滅的な打撃を受けた“陶器の街”で、たった一人だけ助かった“陶器の少女”も一行に加えたオズは、ほどなく南の魔女というグリンダ（ミシェル・ウィリアムズ）に出会うが、彼女の真の姿を知ったオズは――。オズと3人の魔女たち──4人の運命が交差する時、魔法の国オズが秘めた驚くべき真実が明かされる！